氯系消毒劑： 安全性高的消毒劑首推次氯酸 （Hypochlorous Acid），化學式為HClO。 市售次氯酸水之成分為次氯酸，以液態存在，為不穩定之弱酸，較難保存且易光解。 次氯酸是一種比氯（標準狀況下）更強的氧化劑，在生物學中次氯酸是體內嗜中性白血球吞噬病原菌所釋放物質，是體內防御系統之一。
另一安全性較高的消毒劑是次氯酸鈉（俗稱漂白水）在水中會水解為次氯酸及氫氧化鈉，水溶液呈強堿弱酸鹽，因堿性太高所以抗菌所需濃度高于次氯酸數倍。 次氯酸鈉的優點在于保存時間久、成本低廉，其缺點是易分解出氯氣、三鹵甲烷（致癌物質）；.產生革蘭氏陰性菌之抗藥性；排放水對環境造成污染。 市售的漂白水除了次氯酸鈉主成分外，尚添加氫氧化鈉、清潔劑、螯合劑及芳香劑等成分，其比例及種類為廠商自行調配。 且非食品等級漂白水，多采用工業級原料，成分復雜，沖洗后可能有三分之一殘留于物品表面。
氯是最廣用的水中殺菌劑，因為成本便宜，可大量使用，人們常用氯粉（錠），氯溶于水時，一部分氯與水反應，形成次氯酸和鹽酸，氯可被光分解，所以久置氯水只當鹽酸使用。 市售氯錠的濃度不勻，常會造成濃度過高污染環境。 氯水于高溫下易產生氯氣、煮沸時會產生三氯甲烷，這些都是對身體有害物質，應盡量遠離。
氯系消毒劑還有二氧化氯（Chlorine Dioxide），是一種人工制造出來的氣體，它并不存在于自然環境中，亞氯酸鹽是二氧化氯與水反應后的產物；在空氣中，二氧化氯被光分解為氯氣及氧氣。 二氧化氯曾經被認為是最有發展潛力的消毒劑，因為使用劑量低，且無直接對身體傷害，但近年來許多研究指出其降解過程的負產物對人體有害，已經有些國家禁止其使用于食材的清潔殺菌程序上。
微酸性次氯酸： 次氯酸（ HClO，CAS No. 7790-92-3）與次氯酸根（ClO−，CAS No. 14380-61-1）在水溶液中常相伴呈現，其比例受酸堿度及液體溫度而改變。 在25℃水溶液中，當pH7.5時，與次氯酸根的比率為50%；pH8.5時次氯酸含量比為9.1%；在pH10.0時次氯酸含量比為3%，堿性越高含量越低；在弱酸性時含量較高，在pH4.0時次氯酸含量比為100%；在pH6.0時次氯酸含量比為96%。 在實驗室環境下次氯酸的殺菌力為次氯酸根的80倍，但現實中pH4的酸性刺激性太大了，且很快與環境中有機物產生氧化還原作用或受光解而失效，所以純次氯酸不適用于日常的消毒作業。
次氯酸的氧化力，就像子彈已經上膛的機關槍一樣，隨時亂射，很快的子彈就沒了。 人們為了克服次氯酸容易降解的問題，最早發展出了次氯酸鹽做為消毒水，代表作就是漂白水，這成為市面上重要的消毒劑之一，但漂白水酸的堿度常在pH11 、12之間，堿性太大容易傷害皮膚，且殘留性很高，較不適合使用在食材的消毒。 后來因為電解技術的提升，采用電解取得的次氯酸得以實現現做現用的實務，解決了次氯酸的最大弱點~容易降解，所以發展出弱酸性次氯酸水。 雖然次氯酸的使用濃度遠低于次氯酸根，但其降解速度太快的問題還是存在，既使采用密閉阻光的容器，經常一個月的時間總自由氯含量就少掉一大半了。
微酸性次氯酸是解決次氯酸容易降解的最佳辦法，以密閉阻光的容器，經常六個月的時間其總自由氯含量才降解一半，最重要的是消毒的使用濃度與其他酸性次氯酸溶液高出不多。 這是因為我們將容易被降解的次氯酸藏起來，讓他不會立即產生氧化還原反應，當有病菌消耗掉次氯酸時，我們再將次氯酸根轉換為次氯酸，如此循環可同時保有良好消毒效果及保存效果。
參考資料：隨身消毒抗菌液-O噴
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